Escherichia coli (abbreviato solitamente con E. coli) è la specie più nota del genere Escherichia: al suo interno si distinguono almeno 171 sierotipi caratterizzati da diverse combinazioni degli antigeni O, H, K, F. È una delle specie principali di batteri che vivono nella parte inferiore dell'intestino di animali a sangue caldo (uccelli e mammiferi, incluso l'uomo), sono necessari per la digestione corretta del cibo. La sua presenza nei corpi idrici segnala la presenza di condizioni di fecalizzazione (è il principale indicatore di contaminazione fecale, insieme con gli enterococchi). Il nome deriva dal suo scopritore, Theodor Escherichia. Appartiene al gruppo degli enterobatteri ed è usato comunemente come organismo modello dei batteri in generale.
Il numero di cellule di E. coli nelle feci che un umano espelle in un giorno va dai 100 miliardi (10^11) ai 10 trilioni (10^19). Il genere Escherichia, insieme altri generi (Enterobatteri, Klebsiella, Citrobacter, Serrati, ecc.) vengono raggruppati insieme sotto il nome di coliformi. Tecnicamente il "gruppo dei coliformi" comprende batteri aerobi e anaerobi non sporigeni.
Nell’ambito del gruppo dei coliformi, Escherichia coli è ampiamente rappresentata ed è in esclusivo rapporto con il tratto gastrointestinale dell’uomo e degli animali a sangue caldo, a differenza dei microrganismi appartenenti a diversi generi, tra cui Enterobacter, Klebsiella e Citrobacter che si caratterizzano per una potenziale capacità di ricrescita una volta pervenuti nell’ambiente. La specie Escherichia coli è un microrganismo a forma di bastoncello, gran-negativo, aerobio ed anaerobio facoltativo, non sporigeno, che cresce alla temperatura di 44,5 °C, lattosio-fermentante, indolo-positivo in terreni contenenti triptofano, beta-D-glucuronidasi-positivo. In letteratura, la presenza di questo enzima è stata evidenziata nel 94-99,5 % dei biotipi di Escherichia coli, con l'eccezione dei sierotipi O157:H7.
Le cause dell’escherichia coli:
Contaminazione delle acque
Nelle acque destinate al consumo umano, nelle acque di piscina, nelle acque adibite alla balneazione, ma anche in altri tipi di matrici (es. alimenti, cosmetici) è prescritta l’assenza obbligatoria di Escherichia coli in relazione al suo ruolo di indicatore primario di contaminazione fecale. La mancata rispondenza al valore parametrico stabilito costituisce una non conformità del prodotto (acqua, alimento, ecc.) Per la sua ricerca nell'ambiente sono stati elaborati, negli anni più recenti, metodi analitici che si basano sul rilevamento dell’attività enzimatica della beta-D-glucuronidasi, evidenziabile dall’idrolisi di beta-glucuronici cromogeni o fluorogeni con rilascio di composti colorati o fluorescenti; o, allo stesso modo, si usa l'X-gal, facendo leva sulla sull'enzima beta-galattosidasi. Queste specifiche caratteristiche, eliminando spesso la necessità di svolgere prove di conferma, permettono di ottenere risultati in tempi più rapidi e di giungere con maggiore accuratezza alla determinazione del microrganismo ricercato. 
Ruolo in patologia
Anche se rappresenta un comune abitante dell'intestino e ha un ruolo fondamentale nel processo digestivo, ci sono situazioni in cui E. coli può provocare malattie nell'uomo e negli animali. Alcuni ceppi di E. coli sono l'agente eziologico di malattie intestinali e extra-intestinali come infezioni del tratto urinario, meningite, peritonite, setticemia e polmonite.
Alcuni ceppi di E. coli sono tossigenici, producono cioè tossine che possono essere causa di diarrea. La dissenteria da E. coli è una comune tossinfezione alimentare, poiché viene contratta principalmente da alimenti contaminati. La contaminazione può avvenire da carni infette non adeguatamente cotte, da latte non pastorizzato e formaggi derivati, e da altri alimenti contaminati da feci. E. coli produce quattro tipi di tossine che si distinguono, per la diversa sensibilità al trattamento termico, in termolabile e termostabile, e per l'azione tossigena (tossine shiga e tossine emolitiche, HlyA).
La tossina termolabile, denominata LT, è molto simile nella struttura e nelle funzioni alla tossina del colera. Contiene una subunità 'A' e cinque subunità 'B' in una olotossina. Le subunità B contribuiscono all'aderenza e all'entrata della tossina nelle cellule intestinali dell'ospite, dove la subunità A stimola le cellule a rilasciare acqua, provocando diarrea.
Setticemia
E. coli è il più comune isolato nelle emocolture nei casi di batteriemia; la colonizzazione del torrente ematico può avvenire a causa di traumi intestinali, tumori del colon e del tenue. Le scarse misure igieniche nel posizionamento di cateteri o di accessi venosi centrali sono comuni cause di batteriemie da E. coli.
Infezioni dell'apparato urinario
E. coli è comune causa di uretriti e cistite in persone anziane, diabetiche e cateterizzate. Grazie alle fimbrie formanti fasci, ai pili P e alle fimbrie Dr, E. coli riesce ad ancorarsi saldamente all'epitelio di uretra e vescica, resistendo al flusso urinario. Questa condizione è necessaria ma non sufficiente all'istaurarsi dell'infezione; questa è infatti provocata maggiormente dall'emolisina A (HlyA), in grado di ledere l'epitelio urinario e promuovere chemiotassi, infiammazione e invasione dei tessuti.
Meningite
E. coli, soprattutto il sierotipo K1, è il principale isolato (insieme agli streptococchi di gruppo B) nelle emocolture di bambini con età inferiore a 5 anni affetti da meningite.
Ceppi responsabili di gastroenteriti
Un "ceppo" di E. coli è un gruppo con caratteristiche particolari in grado di renderlo riconoscibile da altri ceppi di E. coli, analogamente a come si riescono a distinguere cani appartenenti a razze diverse. Diversi ceppi di E. coli vivono in differenti specie animali, così è possibile stabilire se il materiale fecale nelle acque proviene, ad esempio, da uomini o da uccelli.
Nuovi ceppi di E. coli sorgono continuamente dal processo biologico naturale della mutazione, e alcuni di questi ceppi hanno caratteristiche che possono essere nocive per un animale ospite. Sebbene nella maggior parte degli umani adulti un ceppo patogeno non provocherebbe probabilmente altro che diarrea, e potrebbe non dare alcun sintomo, in bambini piccoli o in persone malate o debilitate da malattie recenti, o in persone sotto particolari cure, un nuovo ceppo potrebbe provocare malattie serie e persino la morte. Un esempio di ceppo particolarmente virulento di E. coli è E.coli O157:H7.
EPEC
L'E. coli enteropatogeno (EPEC) fu il primo patogeno associato con la malattia diarroica ed è tuttora una causa importante nei pazienti in età pediatrica. La tipizzazione sierologica degli antigeni O non risulta utile nel caso di EPEC. La malattia è causata dal fatto che questi ceppi sono in grado di aderire all'epitelio dell'intestino tenue e di interferire con l'assorbimento delle sostanze; questo provoca la formazione di un ambiente iperosmolare nel lume dell'intestino, un conseguente richiamo d'acqua e, infine, la diarrea. Il quadro di adesione all'epitelio e la distruzione dei microvilli giustifica la definizione di istopatologia A/E (attachment/effacement). I ceppi di E. coli che esprimono bfp possono stabilire dei blandi legami con la tonaca mucosa, consentendo al sistema di secrezione di tipo 3 di installare sulla membrana degli enterociti il recettore traslocato per l'intimina. Quest'ultimo permette il legame tenace di E. coli, grazie all'intimina espressa sulla membrana del batterio.
ETEC
Questi ceppi (E. coli enterotossigeno) sono in grado di provocare gastroenteriti molto gravi, soprattutto nei viaggiatori e nelle persone che hanno ingerito cibi o liquidi contaminati da feci. Questi ceppi producono sia tossine labili al calore (LT-1 e LT-2), sia tossine stabili al calore (StA e Stb). LT-1 è formata da una subunità A e da cinque subunità B; queste ultime sono di legare un ganglioside con un residuo di acido sialico (GM1) particolarmente espresso dagli enterociti. Il legame promuove l'internalizzazione della subunità A, una proteina con attività ADP - ribosiltransferasica nei confronti di una proteina G stimolatoria, in grado di attivare l'adenilato ciclasi. Gli elevati livelli di amp ciclico, portano ad un rapido rilascio dei soluti nel lume intestinale; questi richiamano acqua e il quadro clinico connesso è la diarrea. Analogamente a LT-1, StA lega GM1; tuttavia la sua attività influenza la guanilato ciclasi e non l'adenilato ciclasi. Si noti come l'attività di LT-1 assomigli all'attività della tossina di Vibrio cholerae; tuttavia, LT-1 ha un'attività molto minore. I geni che codificano per LT-1 e per StA si trovano in un plasmide associati ai geni che codificano per AAF/1, AAF/2 e AAF/3, importanti fattori di adesione in grado di garantire una colonizzazione più duratura dei ceppi ETEC (i fattori di virulenza sono quindi tramissibili). Negli USA vengono registrati circa 80.000 casi l'anno.
EHEC
I ceppi di E. coli enteroemorragico sono i principali responsabili di malattia nei paesi industrializzati. Si calcola che questi batteri causino circa 73.000 infezione e quasi 600 morti ogni anno negli USA. Circa 50 sierotipi causano malattia; tuttavia il sierogruppo principalmente responsabile è O157:H7. L'ingestione di meno di 100 bacilli può causare la malattia; questa è stata associata al consumo di carne di manzo non ben cotta, di latte non pastorizzato, di succhi di frutta contaminati, (ad esempio, da feci bovine) e di verdura cruda.
La malattia si manifesta a carico dell'intestino crasso dopo un periodo di incubazione di 3-4 giorni durante i quali inizia a comparire una diarrea non sanguinolenta. Circa al terzo giorno compaiono forti dolori addominali accompagnati da diarrea sanguinolenta.
I ceppi EHEC sono in grado di promuovere un'istopatologia A/E (vedi EPEC) e di secernere la tossina Stx-1 (identica alla tossina di Shigella) insieme alla tossina Stx-2 (60% di analogia alla tossina di Shigella).
Entrambe le tossine sono codificate da fagi lisogeni e hanno una subunità A e cinque subunità B, in grado di legarsi al globotriaosilceramide o Gb3.
Il legame con questo recettore promuove l'internalizzazione della subunità A nell'enterocita; questa è in grado di legarsi al frammento di RNA ribosomiale 28s, bloccano la sintesi proteica. La distruzione degli enterociti, accompagnata da una diminuzione della capacità di assorbimento, comporta la presenza di una diarrea molto liquida e sanguinolenta.
La produzione di Stx-2 si associa spesso (nel 10% dei ragazzi con diarrea da EHEC) alla sindrome uremico-emolitica (HUS), caratterizzata da:
Infatti Stx-2 è in grado di legarsi con maggior affinità al Gb3 espresso dalle cellule renali, provocandone la distruzione. Inoltre le tossine Stx sono in grado di stimolare la produzione di TNF-α e interleuchina-6 che, oltre a sostenere il quadro infiammatorio, promuovono l'esposizione di Gb3. E. coli O157:H7, al contrario degli altri sierotipi, non fermenta il sorbitolo; questo permette l'identificazione nei terreni agar Mac Conkey contenenti sorbitolo (si valutano le colonie che mancano dell'attività fermentativa. Tuttavia l'esame colturale deve essere affiancato dall'identificazione delle tossine mediante test immunoenzimatici commerciali.
EIEC
I ceppi O124, O143 e O164 (E. coli enteroinvasivi), strettamente simili a Shigella, sono in grado provocare diarrea sanguinolenta (sono inoltre presenti leucociti), crampi addominali e febbre. Una serie di geni espressi in un plasmide, denominati pInv, codificano per una serie di proteine di membrana in grado di promuovere la fagocitosi e la lisi intracellulare del vacuolo fagocitico, con proliferazione del batterio all'interno del citoplasma degli enterociti dell'intestino crasso. Questo comporta depolimerizzazione dell'actina (come Listeria), lisi cellulare ed emorragia. I quadri più gravi evolvono in ulcerazioni dell'intestino.
EAEC
E. coli enteroaggreganti sono coinvolti in una diarrea acquosa persistente nei viaggiatori e negli infanti dei paesi in via di sviluppo. Questi ceppi esprimono sia Bfp che AAF/1, AAF/2 e AAF/3 (tutti codificati da un plasmide), fattori di adesione in grado di promuovere la colonizzazione dell'intestino tenue, con stimolazione della produzione di muco. Questo forma un biofilm in grado di isolare ed aggregare i batteri. In seguito all'aggregazione si ha riduzione della lunghezza dei microvilli, infiltrazione mononucleata ed emorragia.
DAEC
E. coli diffusamente aderenti provocano una diarrea acquosa benigna nei bambini di età compresa tra 1 e 5 anni. Il quadro è provocato da un allungamento dei microvilli degli enterociti dell'intestino tenuo, con inglobamento dei batteri negli enterociti.
Incubazione, contagiosità e durata dell’escherichia coli Anche se si tratta di un fenomeno piuttosto raro, è possibile che alcuni ceppi di escherichia coli (ad esempio il VTEC) siano trasmessi da uomo a uomo. Il periodo di incubazione si aggira tra i 3 e gli 8 giorni. Sintomi dell’escherichia coli L’escherichia coli provoca prevalentemente disturbi gastrointestinali, come la diarrea, infezioni all’intestino crasso, dolori addominali, nausea e vomito. In genere non si presenta febbre, anche se può verificarsi in alcuni casi. I sintomi durano di solito circa una settimana. Alcuni ceppi (il VTEC, per esempio) sono più pericolosi perché più virulenti e, anche se i casi sono rarissimi, possono essere mortali. Le cure Le cure consistono prevalentemente in soluzioni atte ad alleviare i sintomi, in attesa che la malattia guarisca autonomamente: assunzione di liquidi per reidratare l’organismo e di cibo solido, riposo.
Sconsigliato è invece l’uso di antibiotici, perché sembra che la loro somministrazione possa aggravare le condizioni generali dei pazienti.
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